In den Primarschulgemeinden Bettwiesen, Lauchetal, Regio Märwil und Tobel-Tägerschen wird der Religionsunterricht ab der 3. Klasse erteilt. Er findet im Kirchgemeindehaus Affeltrangen bzw. in den Schulhäusern der Primarschulgemeinden vor Ort statt.
In der Primarschule Braunau wird der Religionsunterricht ab der 2. Klasse erteilt. Ab der 4. Klasse bis zur 6. Klasse wird ökumenisch unterrichtet. Der Unterricht findet im Schulhaus Braunau statt.
In der Sekundarschule wird im 7. Schuljahr eine Doppelstunde Religionsunterricht erteilt, und zwar in den Schulhäusern Affeltrangen und Tobel.